大湄公河次区域（The Greater Mekong Sub-region，以下简称GMS）包括中国（云南省和广西壮族自治区）、柬埔寨、老挝、缅甸、泰国、越南，总面积256.8万平方公里，总人口约3.26亿。GMS合作肇始于1992年，是我国参与最早、成效最为显著的次区域合作机制，是亚洲区域经济合作机制及南南合作的一个成功范例。
   云南省是GMS合作的重要参与方，是国家授权参与次区域合作的主体省份之一（另一个是广西），具有开展GMS研究得天独厚的条件。自1992年GMS机制启动以来，我校GMS研究以鲜明的研究特色、丰富的学术成果活跃在国内外GMS研究学术界，引起了国家和云南省委、省政府有关部门的重视，成为我国GMS研究的一支有生力量。GMS中心的研究方向主要有：
   （1）GMS合作与中国西南对外开放研究。我中心以“立足边疆，面向西南、服务云南、服务国家”为宗旨，紧扣国家和地方对外开放和经济社会发展的重大战略需求，高度重视GMS合作和中国西南对外开放的结合，积极开展研究，贡献了一批有重大价值的科研成果，确立了自己的独特优势和学术地位。一是出版发表了一系列关于GMS有关的著作和论文，如《大湄公河次区域经济走廊建设》、《地区主义与东盟经济合作》等。二是出版了GMS研究的系列丛书，包括《大湄公河次区域合作发展报告》（2011年起每年出版，入选教育部发展报告培育项目）、《缅甸蓝皮书》（2012年起每年出版）、《云南蓝皮书•桥头堡建设》（2012年起每年出版）、《GMS研究》（2007年起每年出版）。三是承担了多个关于相关课题，一些政策建议已进入决策。本方向的研究特色在于综合运用区域经济、国际关系等学科的理论、方法，紧紧围绕把云南建设成为我国面向西南开放桥头堡这一重大战略需求，对GMS合作及中国面向西南开放的重点、难点和热点问题开展动态跟踪和深入研究，为中国参与GMS合作与中国西南对外开放，贯彻落实中央关于中国向西南开放重要桥头堡建设，以及印度洋战略的部署及实施，提供理论支持和决策咨询。本方向带头人刘稚研究员是国家“百千万人才工程”入选者。
   （2）GMS国际关系与地区安全研究。随着国际和周边形势的发展变化，GMS区域日益成为“周边是首要”的外交战略格局的重要组成部分，是我国实施和平发展战略与周边外交战略，做实做深构筑周边地缘战略依托工作的重点地区，而对西南周边国际关系的研究正是我校国际关系研究的优势和特色，在全国居于领先地位。主要表现为，一是突出区域研究、问题研究。发挥云南区位优势，重点针对西南周边的热点和难点问题开展深入研究。二是紧扣国家战略和西南对外开放的重大战略需求开展研究。着眼于我国发展与西南周边国家的双边关系、区域合作和能源安全，开展战略研究和对策分析。三是相关研究机构齐全，科研团队精干，设有省社科重点研究基地——“云南周边安全与区域合作研究基地”，研究团队入选首批云南省“学术创新团队”。本研究方向将依托云南的地缘优势和我校长期以来对西南周边的深厚研究基础，重点开展对西南周边安全环境、区域内国际关系、大国竞争、跨界民族与国家安全、能源安全与战略等问题的研究，为国家构建周边战略依托及西南对外开放与区域合作提供理论依据和决策参考。
   （3）金三角毒品问题与国际禁毒合作研究。本方向紧密围绕“金三角”毒品形势的变化及其影响、中国（云南）与东南亚的区域禁毒国际合作、中国（云南）帮助境外毒源地实施禁毒替代发展等重大课题，对我国与东南亚国家的禁毒合作和我国的国家安全展开了系统深入的研究，形成了一批研究报告和论文，在国内学术界形成了有别于兄弟院校的特色、重点和优势，在国内“禁毒与防艾”研究中的重要地位日渐突出，也越来越受到了国家和地方政府的重视。本方向将进一步整合校内外学术资源，根据国家的重大战略决策和国家安全，抓住“桥头堡”建设的有利时机，对“金三角”地区的政治、经济、安全、社会、历史文化、民族宗教研究为基础，继续对中国—东盟自由贸易区建设、云南的国际大通道建设、大湄公河次区域合作等重大课题进行系统深入的研究，培养和输送精通理论与实践的高层次专业人才，同时为中央和地方政府提供决策咨询服务，以适应为我国大西南的对外开放、社会经济发展、边疆稳定和民族团结的客观需求。
   （4）国际河流与西南跨境生态安全。本方向以学术带头人何明教授的学术团队围绕澜沧江－湄公河为案例的国际河流研究，构建了我国国际河流研究的理论框架，缩小了与国际先进水平的差距并引领了一些前沿研究，在一定程度上消除或减少了国际误解，支持了环境外交；通过对纵向岭谷区4大国际河流的多学科交叉研究，构建了我国陆疆跨境生态系统变化的理论体系和跨境生态安全综合调控体系，在国际跨境资源环境领域占有一席之地。创建了我国第一个专业研究机构云南大学“亚洲国际河流中心”（2000）、第一个省部重点实验室“云南省国际河流与跨境生态安全重点实验室”（2009），合作创建了清华大学“跨境流域水与生态安全研究中心”（2006）和全球“跨境水大学协作伙伴”（2003，云南大学为亚洲区负责单位）；本研究方向特色鲜明、优势突出，总体处于国际先进、部分领先的地位，能为“地缘与跨境”特色研究、学科发展和高层次人才培养提供坚实的支撑基础。